O Congresso é o órgão deliberativo máximo da Federação e é constituído por delegados eleitos para o efeito nos sindicatos filiados e por delegados por inerência de funções.

De acordo com os estatutos, compete ao Congresso, entre outras questões:

• Proceder ao balanço do conjunto da atividade da Federação;
• Fazer o ponto da situação geral do movimento sindical docente num dado período;
• Aprovar o Plano de Ação da Federação;
• Deliberar sobre linhas gerais de orientação para a atividade sindical da Federação, bem como assumir opções nos domínios da política educativa e da profissão docente.

O Conselho Nacional é o órgão deliberativo máximo entre congressos. Sendo a FENPROF uma associação de sindicatos de professores, o seu Conselho Nacional é constituído por membros designados pelas direções dos sindicatos filiados e por membros eleitos em Congresso, no total de 85 membros.

• Os Estatutos definem, entre outras, as seguintes competências do Conselho Nacional:
• a) Analisar e deliberar sobre a situação político-sindical na perspetiva da defesa dos interesses dos professores e do reforço do movimento sindical docente;
• b) Apreciar a atividade da Federação entre congressos e definir as linhas de ação necessárias à concretização do Plano de Ação aprovado pelo Congresso;
• c) Aprovar, sob proposta do Secretariado Nacional, o plano anual e o orçamento, bem como o relatório e contas, de cada ano (…).

O Secretariado Nacional é o órgão de direção da FENPROF, responsável pela implementação, coordenação e execução da atividade quotidiana da Federação, nos termos das orientações definidas pelo Congresso e pelo Conselho Nacional. O Secretariado Nacional é um órgão de funcionamento colegial, constituído pelo Secretário-Geral e por mais 24 secretários nacionais.

As competências do Secretariado Nacional, conforme definidas pelos Estatutos, incluem:

• Dinamizar, em coordenação com os sindicatos filiados, a atividade sindical, tendo em consideração as decisões tomadas nas diferentes estruturas do movimento sindical docente;
• Decidir sobre a gestão financeira e patrimonial da Federação;
• Convocar conferências nacionais sobre temas específicos (…);
• Implementar, dirigir, coordenar e executar a atividade quotidiana da Federação, de acordo com os Estatutos e as deliberações tomadas pelo Congresso e pelo Conselho Nacional;
• Decidir sobre formas de ação e de luta a desenvolver no plano nacional, incluindo o recurso à greve, para defesa dos interesses dos professores e da educação quando nestes domínios se verifique consenso entre as direções dos sindicatos filiados;
• Promover a constituição de grupos de trabalho, coordenando a sua atividade, bem como a realização de seminários, encontros e conferências que se considerem necessárias para o desenvolvimento e reforço do movimento sindical docente nacional.

O Conselho de Jurisdição é o órgão de fiscalização, de controlo e regulador de conflitos da Federação, constituído por sete membros associados dos sindicatos filiados, eleitos em Congresso, por lista e segundo o método de representação proporcional de Hondt, que não podem fazer parte de qualquer outro órgão da Federação.

Tem por competências, entre outras definidas pelos estatutos:

• Fiscalizar e garantir o cumprimento dos Estatutos e regulamentos;
• Dar parecer sobre as propostas de regulamentos apresentadas pelo Secretariado Nacional, a aprovar pelo Conselho Nacional;
• Dar parecer sobre os planos de atividades e orçamento e sobre os relatórios e contas apresentados pelo Secretariado Nacional;
• Instruir e dar parecer sobre os processos disciplinares (…);
• Certificar o número de sindicalizados designados (…) por cada sindicato membro da Federação;
• Analisar os pedidos de impugnação de qualquer decisão do Conselho Nacional (…);
• Apresentar ao Conselho Nacional e ao Secretariado Nacional as sugestões e propostas que entenda de interesse para a Federação.