Para a FENPROF, como referem os vários documentos e resoluções que tem aprovado sobre esta matéria, é fundamental que a gestão das escolas/agrupamentos seja democrática como suporte do próprio regime.
Nesse sentido, a Federação Nacional dos Professores defende a elegibilidade de todos os órgãos e o fim da existência de órgãos unipessoais, ao mesmo tempo que pretende que um novo modelo de gestão fomente a participação de toda a comunidade educativa nas tomadas de decisão, devendo, nela, os docentes, ter um papel determinante.
Por outro lado, sendo a Escola um espaço em que a Educação é a razão da sua existência, a FENPROF defende que os atos de gestão e administração das escolas tenham um caráter preferencialmente pedagógico.